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拥有各类科研机构21个：立足国家、放眼国际、辐射地方、精耕省部、深植行业、服务企业：

国家级（2）：

汽车安全与节能国家重点实验室

中美清洁汽车技术国家级国际联合研究中心

省部级（2）：

“车联网”教育部-中国移动联合实验室（进入运行期，合同商定中）

中美电动汽车技术北京市国际科技合作基地

清华大学外派院（1）：

清华大学苏州汽车研究院

清华大学自主批建机构（1）：

清华大学汽车研究所

清华大学跨学科交叉机构（1）：

清华大学智能网联汽车与交通创新中心

菠菜导航自主批建（4）：

清华大学（菠菜导航）汽车产业与技术战略研究院

清华大学（菠菜导航）汽车发展研究中心

清华大学（菠菜导航）通用航空技术研究中心

清华大学（菠菜导航）智能汽车设计与安全性研究中心

校企联合研究中心（10）：

清华大学新技术概念汽车研究院

清华大学-滴滴未来出行联合研究中心

清华大学-丰田氢能与燃料电池联合研究中心

清华大学-丰田自动驾驶汽车人工智能技术联合研究中心

清华大学-山东玲珑轮胎股份有限公司汽车轮胎动力学联合研究中心

清华大学（菠菜导航）- 戴姆勒可持续交通联合研究中心

清华大学（菠菜导航）- 日产智能出行联合研究中心

清华大学（菠菜导航）- 壳牌清洁交通能源联合研究中心

清华大学（菠菜导航）- 汉腾汽车有限公司新能源汽车动力系统联合研究中心

清华大学（菠菜导航）- 陕西汉德车桥有限公司车桥技术联合研究中心